Produkty Elucigene QST*R Pokyny k analytickému softvéru

Transcription

1 Produkty Elucigene QST*R Pokyny k analytickému softvéru Výrobca: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Veľká Británia Predaj, zákaznícke služby a technická podpora: T: +49 (0) F: +49 (0) E: eucustomerservice@hologic.com E: eutechnicalsupport@hologic.com AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 1 z 30

2 Analýza GeneMapper Úvod V nasledujúcej časti sú popísané postupy na analýzu vzoriek výsledkov Elucigene QST*R pomocou softvérových balíčkov GeneMapper spoločnosti Applied Biosystems (verzia 3.7 alebo vyššia) a ako vkladať údaje do šablóny správy Excel QST*R. Analytický postup Postup analýzy vzoriek je zhrnutý v postupovom diagrame nižšie: AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 2 z 30

3 GeneMapper Otvorte programový súbor GeneMapper a požadované súbory.fsa importujte kliknutím na tlačidlo add samples to project (pridať vzorky do projektu). Navigujte na požadovanú zložku chodov pomocou stromu zložiek na ľavej strane okna. Zvoľte zložku a kliknite na tlačidlo Add to List >> (pridať do zoznamu). Zložka chodov sa teraz objaví v okne samples to add (vzorky na pridanie). Po dvojitom kliknutí na ikonu zložky chodov v tomto okne sa ukáže každý súbor.fsa, ktorý sa má importovať (obrázok 1). Vzorky sa potom pridajú kliknutím na tlačidlo Add (pridať). Obrázok 1: Vzorky pripravené na pridanie do projektu AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 3 z 30

4 Importovanie nastavení analýzy QST*R GeneMapper v GeneMapper Manager Je potrebné importovať nastavenia QST*R pre GeneMapper. Tento proces sa ovláda pomocou rozhrania GeneMapper Manager. Nastavenia QST*R GeneMapper sú dostupné na webovej stránke spoločnosti Gen- Probe: 1. Program GeneMapper Manager otvorte kliknutím na ikonu (obrázok 2 a 3). Obrázok 2: Otvorenie GeneMapper Manager Obrázok 3: Rozhranie GeneMapper Manager AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 4 z 30

5 2. Zvoľte záložku Analysis Methods (analytické metódy) a potom kliknite na tlačidlo importovania. 3. Navigujte na požadovaný súbor (súbory) analytických nastavení QST*R a importujte ich: 3130 alebo 3500 (obrázok 4). Obrázok 4: Importovanie analytických metód 4. Proces zopakujte, pričom zvoľte vhodnú záložku a importujte príslušný súbor pre: Table Settings (nastavenia tabuľky) Plot Settings (nastavenia grafu) Size Standards (veľkostné štandardy) Poznámka: Cluster Plot Settings (nastavenia zhlukového grafu), Matrices (matrice), SNP Sets (súpravy SNP) a Report Settings (nastavenia správ) si nevyžadujú importovanie súborov. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 5 z 30

6 Importovanie nastavení panelu QST*R v Panel Manager (manažérovi panelu) Je potrebné importovať nastavenia panelu a súborov bin QST*R pre GeneMapper. Tento proces sa ovláda pomocou rozhrania Panel Manager (manažér panelu). Nastavenia panelu a súborov bin QST*R GeneMapper sú dostupné na webovej stránke spoločnosti Gen-Probe: 1. Program GeneMapper Panel Manager (manažér panelu) otvorte kliknutím na ikonu. 2. Kliknite na Panel Manager (manažér panelu) v ľavom navigačnom okne. Manažér panelu sa teraz zobrazí zvýraznený modrou. 3. Zvoľte File/Import Panels (panely súbor/import). Navigujte a importujte súbor panelu GeneMapper anan000_gmbf*.txt (obrázok 5). 4. Súbor panelu sa teraz bude zobrazovať v ľavom navigačnom okne. Kliknite na súbor panelu, aby sa modro zvýraznil. 5. Zvoľte File/Import Bin Set (súprava bin súbor/import). Navigujte a importujte súbor bin GeneMapper anan000_gmbf*.txt (obrázok 6). 6. Kliknite na Apply (aplikovať) a potom kliknite na OK. Obrázok 5: Importovanie súboru panelu QST*R AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 6 z 30

7 Obrázok 6: Importovanie súboru súpravy bin QST*R Úprava súboru analytických parametrov Je možné, že bude potrebné upraviť východiskové Analysis Ranges (analytické rozsahy) v analytických nastaveniach QST*R tak, aby sa zohľadnili miestne odchýlky podmienky chodu. Minimálny analytický rozsah bude závisieť na kapilárach a polyméroch použitých počas zberu údajov. Zobrazenie aktuálnych analytických nastavení: 1. Otvorte GeneMapper Manager. 2. Zvoľte záložku Analysis Methods (analytické metódy). Importovaný súbor QST*R bude uvedený ako QSTR Analysis (analýza QSTR). 3. Kliknite na QSTR Analysis (analýza QSTR). Riadok teraz bude zvýraznený. 4. Kliknite na tlačidlo Open (otvoriť) a zvoľte záložku Peak Detector (detektor vrcholov) (obrázok 7). Východiskové nastavenie analytických rozsahov sa začína na 2000 a končí na AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 7 z 30

8 Obrázok 7: Analytické rozsahy Keď chcete vyhľadať správny analytický rozsah pre vaše laboratórium: 1. V hlavnom okne GeneMapper dvakrát kliknite na importovanú zložku chodov na zobrazenie zoznamu súborov.fsa, ktoré obsahuje. 2. Zvoľte súbor.fsa. 3. Kliknutím na záložku Raw data (nespracované údaje) sa zobrazí elektroferogram nespracovaných údajov. 4. Prvý vrchol veľkostného štandardu (napríklad 75 základných párov GS500LIZ) použite ako návod a zvoľte dátový bod približne o 100 dátových bodov väčší (obrázok 8). Týmto sa stanoví najnižší bod analyzovateľného rozsahu. 5. Dajte pozor, aby maximálny analytický rozsah zahŕňal najväčší vrchol veľkostného štandardu (napríklad 500 základných párov GS500LIZ alebo 600 základných párov GS600LIZv2). 6. Zadajte nové hodnoty do analytického súboru QST*R (prístup získate tak, ako je popísané vyššie). AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 8 z 30

9 Obrázok 8: Zistenie minimálneho rozsahu pomocou nespracovaných údajov vzoriek Analýza importovaných súborov QST*R 1. V hlavnom okne GeneMapper zvoľte QST*R Table Settings (nastavenia tabuľky QST*R) (obrázok 9). Obrázok 9: Rozbaľovacia ponuka nastavení tabuľky QST*R 2. V hlavnom okne GeneMapper zvoľte prvú bunku pod Analysis Method (analytická metóda) a zvoľte buď QSTR Analysis 3130 (analýza QSTR 3130) alebo QSTR Analysis 3500 (analýza QSTR 3500) v rozbaľovacej ponuke. Postup zopakujte pre Size Standard (veľkostný štandard) výberom QSTRLIZ500 alebo QSTRLIZ600 v rozbaľovacej ponuke. 3. Zvoľte panel QSTR gm* a kliknite na príslušný vedľajší panel (obrázok 10). 4. Každý stĺpec vyplňte voľbou záhlavia stĺpca a stlačením klávesov Ctrl-D. 5. Kliknite na na spustenie analýzy vzorky. Na výzvu prideľte projektu názov. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 9 z 30

10 Obrázok 10: Voľba nastavení panelu QST*R Prehliadanie údajov QST*R 1. Zvoľte vzorku na analýzu (zvýraznite riadok so vzorkou). 2. Kliknite na pre Display Plots (zobrazenie grafov). 3. Zvoľte QST*R Plot settings (nastavenia grafu QST*R) (obrázok 11). Obrázok 11: Rozbaľovacia ponuka nastavení grafu QST*R 4. V okne grafu sa zobrazí profil vzorky s vypočítanými údajmi (obrázok 12). GeneMapper automaticky označí maximálne dva vrcholy pre každý marker. Ak sú pre marker prítomné tri alely, tretí neoznačený vrchol sa má označiť manuálne (pozri: Manuálne editovanie profilov). Poznámka: Veľkostné rozsahy alel pre každý marker sú založené na už predtým pozorovaných údajoch. Zriedkavé alely môžu spadať mimo daného veľkostného rozsahu markerov a môže byť potrebné súpravu bin primerane upraviť. 5. Odporúča sa, aby v okne grafu bolo aktivované Single click editing (editovanie jedným kliknutím). Ak to chcete urobiť, zvoľte Alleles/set click editing (alely/nastaviť editovanie kliknutím) a skontrolujte, či je táto možnosť zaškrtnutá. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 10 z 30

11 Obrázok 12: Okno grafu vzorky zobrazujúce označené grafové údaje a tabuľku príslušných genotypov AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 11 z 30

12 Manuálne editovanie profilov VAROVANIE! GeneMapper priradí označenia len maximálne 2 vrcholom pre každý marker. Z toho dôvodu môže byť potrebné manuálne editovanie profilov, t. j. pri priraďovaní označení 3. vrcholom (ak sú prítomné) alebo odstraňovaní označení z koktavých vrcholov. Ak chcete pridať označenie vrcholu, ľavou stranou myši kliknite na neoznačený vrchol. Dostanete možnosť pridať komentár k alele. Kliknite na OK. Vrchol teraz bude označený s veľkosťou v základných pároch a jeho oblasti vrcholu. Novo označený vrchol bude automaticky zahrnutý do tabuľky. Ak chcete odstrániť označenie vrcholu, ľavou stranou myši kliknite na označenie vrcholu. Dostanete možnosť vymazať komentár k alele. Kliknite na OK. Označenie vrcholu bude teraz odstránené. Údaje vymazaného vrcholu budú automaticky vymazané z tabuľky. Ďalšie informácie o hodnotení vzoriek QST*R nájdete v Elucigene QST*R: Instructions for Use (návode na použitie) a Guide to Interpretation (pokynoch k interpretácii), dostupných na webovej stránke spoločnosti Gen-Probe: Kopírovanie údajov v tabuľke 1. Zvýraznite všetky riadky v tabuľke na spodku okna Plot (graf). 2. Zvolené riadky skopírujte stlačením klávesov Ctrl+C. Šablóna správy QST*R Šablóny správ QST*R možno použiť na stanovenie pomerov vrcholov pre marker. Šablóna správy pre každý produkt v rozsahu QST*R je dostupná na webovej stránke Gen-Probe: 1. Otvorte súbor s príslušnou šablónou správy. 2. Ak šablóna správy zobrazí bezpečnostné varovanie, upozorňujúce, že makrá boli zablokované, kliknite na tlačidlo Options (možností tak), ako je ukázané na obrázku Objaví sa okno s bezpečnostnými možnosťami (obrázok 14). Zvoľte Enable this content (aktivovať tento obsah) a kliknite na OK. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 12 z 30

13 Obrázok 13: Bezpečnostné varovanie (zablokované makrá) Obrázok 14: Okno s bezpečnostnými možnosťami (na aktiváciu makier) 4. Zvoľte list Import GM (importovať GM) a skontrolujte, či je zvolená bunka A1. 5. Údaje z tabuľky skopírované z GeneMapper vložte stlačením klávesov Ctrl+V a okamžite kliknite na tlačidlo Sort (triediť) (obrázok 15). Poznámka: Všetky vložené údaje MUSIA byť zvolené na to, aby sa funkcia Sort (triediť) spustila. 6. Zvoľte záložku QSTR-GM (- bude indikovať, ktorá tabuľka sa momentálne používa). Výsledky teraz budú zahŕňať všetky informácie o vrcholoch a pomery pre vašu vzorku (obrázok 16). AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 13 z 30

14 Obrázok 15: Príklad importovanej tabuľky GeneMapper pre QST*Rplusv2 Obrázok 16: Príklad správy QST*Rplusv2 AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 14 z 30

15 Hodnotenie správy 1. Trizómia sa stanoví: a) Dvomi vrcholmi nerovnakej výšky, kde jeden z vrcholov predstavuje dve alely, ktoré majú spoločné obaja rodičia. V tomto prípade sa pomer medzi dvomi vrcholmi klasifikuje ako 2:1 alebo 1:2. Keď A1/A2 dá výsledok v oblasti 1,8 až 2,4, kde vrchol predstavujúci alelu kratšej dĺžky má väčšiu oblasť než vrchol predstavujúci alelu dlhšej dĺžky, alebo kde A1/A2 dá výsledok v oblasti 0,45 až 0,65, kde vrchol predstavujúci alelu kratšej dĺžky má menšiu oblasť než vrchol predstavujúci alelu dlhšej dĺžky. V oboch prípadoch sa objaví Ratio (pomer) v stĺpci Warning (varovanie). b) Prítomné tri vrcholy porovnateľnej výšky. Pomer vrcholov bude klasifikovaný ako 1:1:1 a ich hodnoty budú spadať do normálneho rozsahu 0,8 1,4 (hoci pre alely oddelené viac než 24 základnými pármi je prijateľný pomer alel do 1,5). V tomto prípade sa objaví 3 Alleles (3 alely) v stĺpci Warning (varovanie). 2. Na to, aby bol výsledok interpretovaný ako abnormálny (t. j. prítomná trizómia), sa vyžadujú najmenej dva informatívne markery konzistentné s trojalelovým genotypom, pričom všetky ostatné markery sú neinformatívne. Neodporúča sa výsledky interpretovať ako abnormálne na základe informácií len z jedného markeru. 3. Na to, aby bol výsledok interpretovaný ako normálny, sa vyžadujú najmenej dva informatívne markery konzistentné s dvojalelovým genotypom, pričom všetky ostatné markery sú neinformatívne. Normálny výsledok indikuje normálny dvojkový komplement pre testované chromozómy. 4. Pomery oblastí vrcholov, ktoré spadajú medzi normálne a abnormálne rozsahy sú klasifikované ako nejednoznačné. Nejednoznačné výsledky možno vyriešiť pomocou súprav na jednotlivé chromozómy. 5. Ak pre marker nie sú prítomné žiadne údaje o vrchole, vo varovnom stĺpci sa zobrazí Absent (neprítomné). Toto varovanie sa bude bežne pozorovať v neprítomnosti markerov chromozómu Y. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 15 z 30

16 Analýza GeneMarker Úvod V nasledujúcej časti sú popísané postupy pre analýzu vzoriek výsledkov Elucigene QST*R pomocou softvérových balíčkov SoftGenetics GeneMarker (verzia 1.65 a vyššia). Obrázky použité v tejto časti boli prevzaté z verzie 1.85 softvéru GeneMarker. Analytický postup Postup analýzy vzoriek je zhrnutý v postupovom diagrame nižšie: AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 16 z 30

17 Pridávanie súborov vzoriek do GeneMarker Otvorte programový súbor GeneMarker a na výzvu zvoľte Open Data (otvoriť údaje). Objaví sa rámček Open Data Files (otvoriť dátové súbory). Kliknite na tlačidlo Add (pridať). Objaví sa rámček Open (otvoriť). Navigujte do zoznamu obsahujúceho súbory s nespracovanými údajmi. Zvoľte všetky súbory stlačením CTRL+A alebo použite klávesy CTRL a/alebo SHIFT na voľbu jednotlivých vzoriek. Kliknite na tlačidlo Open (otvoriť) v rámčeku Open (otvoriť). Zvolené súbory sa objavia v poli Data File List (zoznam dátových súborov) (obrázok 1). Obrázok 1: Vzorky pridané do zoznamu dátových súborov. Kliknite na tlačidlo OK v rámčeku Open Data Files (otvoriť dátové súbory) a vzorky sa načítajú do GeneMarker. Softvér potom automaticky otvorí okno Raw Data Analysis (analýza nespracovaných údajov) (obrázok 2). AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 17 z 30

18 Obrázok 2: Okno Raw Data Analysis (analýza nespracovaných údajov) AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 18 z 30

19 Importovanie nastavení panelu QST*R GeneMarker Je potrebné importovať nastavenia panelu QST*R pre GeneMarker. Tento proces sa ovláda pomocou rozhrania Panel Editor (editor panelu). Nastavenia panelu QST*R GeneMarker sú dostupné na webovej stránke spoločnosti Gen-Probe: Otvorte Panel Editor (editor panelu) v rozbaľovacej ponuke Tools (nástroje). Obrázok 3: Voľba editora panelu Zvoľte Import Panels (importovať panely) v rozbaľovacej ponuke File (súbor). Obrázok 4: Importovanie panelov Naviguje na panel ako napríklad anan0pl_gupf***.xml a importujte ho. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 19 z 30

20 Poznámka: * označuje verziu s trojciferným číslom (napríklad anan0pl_gupf002.xml) Proces zopakujte tak, ako je potrebné, pre ďalšie relevantné súbory panelu. Spracovanie údajov Keď sú súbory s nespracovanými údajmi načítané do GeneMarker, sú pripravené na spracovanie. Krok spracovania zahŕňa aplikáciu veľkostného štandardu, filtráciu rušivých vrcholov a porovnanie so známym alelovým panelom, ak chcete. Softvér GeneMarker zlučuje všetky tieto kroky do jedného jednoduchého nástroja nazývaného Run Wizard (obrázok 5). Pre prístup na Run Wizard jednoducho kliknite na ikonu Run Project (spustiť projekt) na hlavnej nástrojovej lište. Run Wizard vytvorenie Run Template (šablóny chodu) Keď sa tento softvér používa na analýzu údajov QST*R po prvýkrát, je potrebné vytvoriť šablónu chodu. Robí sa to prostredníctvom Run Wizard. Pre prístup na Run Wizard jednoducho kliknite na ikonu Run Project (spustiť projekt) na hlavnej nástrojovej lište. Priraďte názov šablóny, napríklad QSTR Zvoľte Panel (panel), Size Standard (veľkostný štandard), Standard Colour (štandardnú farbu) a Analysis Type (typ analýzy) tak, ako je zobrazené na obrázku 5 nižšie. Kliknite na Save (uložiť), aby sa šablóna uložila pre budúce analýzy. Kliknite na Next (ďalej) na pokračovanie. Obrázok 5: Run Wizard okno Template Selection (výber šablóny) AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 20 z 30

21 Run Wizard Data Process (spracovanie údajov) Okno Data Process (spracovanie údajov) v Run Wizard umožňuje používateľovi zvoliť si parametre filtrovania vrcholov. Zvoľte príslušné analytické nastavenia v okne Data Process (spracovanie údajov) tak, ako je ukázané na obrázku nižšie. Kliknite na Next (ďalej) na pokračovanie. Poznámka: Nastavenie analytického rozsahu v rámčeku analýzy nespracovaných údajov sa bude líšiť podľa polyméru použitého počas zberu údajov. Operátor má zvoliť hodnotu počiatočného dátového bodu tak, aby zahŕňala štandardný vrchol veľkosti 75 základných párov. Obrázok 6: Run Wizard okno Data Process (spracovanie údajov) Poznámka: Pre údaje 3500 zvýšte minimálnu intenzitu na 150. Run Wizard Additional Settings (ďalšie nastavenia) Pri výkone analýzy QST*R sa nevyžadujú žiadne ďalšie nastavenia. Kliknite na OK na pokračovanie. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 21 z 30

22 Obrázok 7: Run Wizard Additional Settings (ďalšie nastavenia) Rámček Data Processing (spracovanie údajov) Keď kliknete na OK v rámčeku Additional Settings (ďalšie nastavenia) Run Wizard, objaví sa rámček Data Processing (spracovanie údajov) (obrázok 8). Nespracované údaje sa spracujú a určia sa ich veľkosti, potom sa aplikujú filtračné parametre a zvolený panel QST*R. Keď je analýza ukončená, kliknite na OK v rámčeku Data Processing (spracovanie údajov). AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 22 z 30

23 Obrázok 8: Rámček Data Processing (spracovanie údajov) AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 23 z 30

24 Okno hlavná analýza Okno hlavná analýza (obrázok 9) v GeneMarker je graficky usporiadané na ľahké použitie. Toto usporiadanie zahŕňa: Zoznam súborov vzoriek zobrazený na ľavej strane okna Syntetická snímka gélu zobrazená hore v okne Dátové elektroferogramy pod snímkou gélu Tabuľka so správami zobrazená na pravej strane okna V tomto okne je dôležité skontrolovať, či sú všetky príslušné vrcholy pre každý profil správne označené. Dvakrát kliknite na každú vzorku po rade na strome súborov so vzorkami na ľavej strane obrazovky. Pravou stranou myši kliknite na všetky otázne vrcholy a v dialógovom rámčeku vyberte nejakú možnosť, t. j. editovať alebo vymazať alelu, potvrdiť alebo nepotvrdiť, tak ako je vhodné. V okne hlavná analýza zvoľte možnosť Applications (aplikácie) v rozbaľovacej ponuke na vrchu obrazovky. Zvoľte záložku Trisomy Analysis (analýza trizómie). Potom sa otvorí rámček Trisomy Analysis Settings (nastavenia analýzy trizómie) (obrázok 10). Obrázok 9: Okno hlavná analýza AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 24 z 30

25 Obrázok 10: Rámček Trisomy Analysis Settings (nastavenia analýzy trizómie) Poznámka: Pre údaje 3500 zvýšte minimálnu intenzitu na 150. Trisomy Analysis Settings (nastavenia analýzy trizómie) V rámčeku Trisomy Analysis Settings (nastavenia analýzy trizómie) sú k dispozícii dve záložky: Záložka Analysis (analýza) Záložka Statistics Plot (štatistický graf) Záložka Analysis (analýza) Záložka Analysis (analýza) poskytuje možnosti prahových nastavení pre analýzu trizómie. Skontrolujte, či je v rámčeku analýzy zvolené BPG a či sa zobrazujú nasledujúce nastavenia. Peak Height (Výška vrcholu) 50: Požaduje sa minimálna výšky 50 pre vrcholy. (150, ak sa používajú údaje z 3500). Height Ratio (Pomer výšky) 30%: Maximálne percento hlavného vrcholu, ktoré musí dosiahnuť druhý vrchol na to, aby sa identifikovali dve alely. Quantification by Peak Area (Kvantifikácia podľa oblasti vrcholu). Zvolená Shorter Length/Longer Length (kratšia dĺžka/dlhšia dĺžka). Prahy Trisomy Ratio (pomerov trizómie) sú 0,80 1,40. Zrušená voľba Apply Linear Correction (aplikovať lineárnu opravu). Kliknite na OK. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 25 z 30

26 Okno Trisomy Analysis (analýza trizómie) Okno Trisomy Analysis (analýza trizómie) (obrázok 11) umožňuje operátorovi prehliadať údaje vzorky QST*R a zobraziť pomery vrcholov pre každý marker a získať prístup k správe GeneMarker. Existuje viacero displejov, ktoré operátorovi pomáhajú pri analýze údajov: Sú to: Zoznam vzoriek Elektroferogram Graf pomerov Tabuľka so správami Obrázok 11: Okno Trisomy Analysis (analýza trizómie) Podrobnejšie informácie o funkciách analýzy trizómie a ich použití nájdete v GeneMarker Manual (príručke k GeneMarker). AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 26 z 30

27 Správa GeneMarker GeneMarker zahŕňa šablónu správy, ktorá je kompatibilná so súpravami Elucigene QST*R. Pre prístup k správe kliknite na ikonu Print (tlač), nachádzajúcu sa na nástrojovej lište vľavo hore v okne Trisomy Analysis (analýza trizómie). Tým sa otvorí okno Trisomy Print Settings (nastavenia tlače trizómie) (obrázok 12). Okno Trisomy Print Settings (nastavenia tlače trizómie) Trisomy Print Settings (nastavenia tlače trizómie) uvádzajú možnosti, ako zahrnúť a zobrazovať údaje o vzorkách v správe GeneMarker. Zvoľte možnosti tak, ako je ukázané na obrázku 12. Skontrolujte, či je Custom Size Range (upravený rozsah veľkostí) nastavený na 98 základných párov (začiatok) a 510 základných párov (koniec). Obrázok 12: Okno Trisomy Print Settings (nastavenia tlače trizómie) AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 27 z 30

28 Predbežné zobrazenie správy GeneMarker Kliknite na Preview (predbežné zobrazenie) na zobrazenie správy GeneMarker (obrázok 13). V tomto okne môže operátor prehliadať a vytlačiť údaje o vrcholoch každej vzorky pre všetky markery, čím sa vytvorí jednoduchá jedno alebo dvojstranová správa. Obrázok 13: Správa GeneMarker Správa GeneMarker zahŕňa nasledujúce funkcie: Záhlavie správy: Obsahuje informácie o analýze, projekte, vzorke a parametroch. Podpisový rámček: Miesto na dátum a iniciálky posudzovateľov správ. Elektroferogram: Podobne ako okno analýzy trizómie, zobrazuje všetky farby farbív na grafe vzorky. Tabuľka so správami: Zobrazuje zistené vrcholy a hodnoty markerov pre aktuálnu vzorku. Identifikované trizómie sú zvýraznené šedou. Na iniciálky posudzovateľa je poskytnutý ďalší kontrolný stĺpec. Corrected Ratio Plot (opravený graf pomerov): Obsahuje body grafu celého súboru údajov pre všetky markery vo farbe farbiva. Tvary symbolov predstavujú rôzne markery a možno ich identifikovať v riadku Symbol v Report Table (tabuľke so správami). Žltým vyplnené symboly predstavujú dátové body aktuálnej vzorky. Symboly s červenými obrysmi predstavujú identifikované trizómie. Poznámka: Corrected Ratio Plot (opravený graf pomerov) sa ukazuje na druhej strane pre každú vzorku, len keď je zvolený Ratio Plot (graf pomerov) v rámčeku Trisomy Print Report Settings (nastavenia tlače správy s trizómiou). AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 28 z 30

29 Označenie vrcholov Označenie vrcholov je farebne kódované podľa kvality súladu medzi zisteným vrcholom a pozorovanými súbormi bin panelu. Na elektroferograme sú markery vodorovné šedé stĺpce a stred vrcholov je označený zvislým šedým stĺpcom. Vrcholy, ktoré spadajú mimo markerov alebo súborov bin panelu sú označené červenou ako OL (mimo rámca). Poznámka: Variancie v strojových typoch polymérov a veľkostných štandardoch si môžu vyžadovať optimalizáciu súborov bin markerov, aby bol softvér upravený na mieru podľa podmienok používaného chodu. Ďalšie informácie o úprave súborov bin panelov sa nachádzajú v GeneMarker Manual (príručke k GeneMarker), dodanej so softvérom. Hodnotenie správy Všeobecné pokyny k analýze sú podrobne popísané v časti Analysis and Interpretation of Results (analýza a interpretácia výsledkov) v Instructions for Use (návode na použitie) dostupného na webovej stránke spoločnosti Gen-Probe: 1. Trizómia sa stanoví: a) Dva vrcholy nerovnakej výšky, kde jeden z vrcholov predstavuje dve alely, ktoré sú prítomné u jedného rodiča alebo oboch rodičov. V tomto prípade sa pomer medzi dvomi vrcholmi klasifikuje ako 2:1 alebo 1:2. Keď A1/A2 dá výsledok v oblasti 1,8 až 2,4, kde vrchol predstavujúci alelu kratšej dĺžky má väčšiu oblasť než vrchol predstavujúci alelu dlhšej dĺžky, alebo kde A1/A2 dá výsledok v oblasti 0,45 až 0,65, kde vrchol predstavujúci alelu kratšej dĺžky má menšiu oblasť než vrchol predstavujúci alelu dlhšej dĺžky. b) Prítomné tri vrcholy porovnateľnej výšky. Pomer vrcholov bude klasifikovaný ako 1:1:1 a ich hodnoty budú spadať do normálneho rozsahu 0,8 1,4 (hoci pre alely oddelené viac než 24 základnými pármi je prijateľný pomer alel do 1,5). Poznámka: Markery budú vyfarbené šedou v tabuľke so správami, ak: Pomer vrcholu pre marker spadá mimo vopred definovaných limitov (0,8 a 1,4). Zistia sa tri alely. 2. Na to, aby bol výsledok interpretovaný ako abnormálny (t. j. prítomná trizómia), sa vyžadujú najmenej dva informatívne markery konzistentné s trojalelovým genotypom, pričom všetky ostatné markery sú neinformatívne. Neodporúča sa výsledky interpretovať ako abnormálne na základe informácií len z jedného markeru. 3. Na to, aby bol výsledok interpretovaný ako normálny, sa vyžadujú najmenej dva informatívne markery konzistentné s dvojalelovým genotypom, pričom všetky ostatné markery sú neinformatívne. Normálny výsledok indikuje normálny dvojkový komplement pre testované chromozómy. 4. Pomery oblastí vrcholov, ktoré spadajú medzi normálne a abnormálne rozsahy sú klasifikované ako nejednoznačné. Nejednoznačné výsledky možno vyriešiť pomocou súprav na jednotlivé chromozómy. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 29 z 30

30 ELUCIGENE a QST*R sú ochranné známky spoločnosti Gen-Probe Life Sciences Ltd. GENEMAPPER je ochranná známka spoločnosti Life Technologies Corporation. GENEMARKER je ochranná známka spoločnosti SoftGenetics Corporation. Poznámka pre nákupcu: Obmedzená licencia Polynukleotidy označené farbivami VIC, NED a PET a ich použitie môžu byť kryté jedným alebo viacerými patentmi vlastnenými spoločnosťou Applied Biosystems, LLC. Kúpna cena tohto produktu zahŕňa obmedzené, neprenosné práva na základe určitých tvrdení určitých patentov, vlastnené spoločnosťou Applied Biosystems, LLC na použitie len tohto množstva produktu výlučne na aktivity nákupcu pri detekcii cieľa (cieľov) v oblasti ľudskej diagnostiky. Žiadne iné práva sa neposkytujú. Ďalšie informácie o nákupných licenciách týkajúcich sa vyššie spomínaných farbív možno získať kontaktovaním riaditeľa pre licencie Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, USA. Copyright 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd. AN000GSSK Rev.10/2013 Strana 30 z 30